在经方学的学术传承中，曹颖甫的最大特色之一，就是他把张仲景《伤寒论》中的六经辨证，进一步提炼为“六经气化学说”，并以此解释外感与内伤杂病的病机。这种学说的提出，不仅是对仲景理论的继承，更是一次创造性的再发展。他强调，六经并不是单纯对应六条经脉或六类病症，而是对人体脏腑功能进行再概括的结果，是为了更好地认识外感疾病而设立的。
曹颖甫把人体的功能划分为六大部分，每一部分并非脏腑功能的机械相加，而是气化运动的综合表现。他借助这一理论，将复杂的病因病机融入六经体系。
例如，在解释历节病（类似现代的风湿关节病）时，他认为“太阳病汗出不彻，由腠理流入肢节空隙”，因而导致关节酸痛。这种解释，把仲景的“太阳腠理不解”与现代的关节病联系起来，体现了他用六经理论贯通多种疾病的思路。
更重要的是，他避免了把六经辨证神秘化的倾向。
在不少后世医家眼中，“标本中见”“中本合化”等术语往往晦涩难懂，但曹颖甫却主张用生理与病理逻辑加以说明。他指出，六经气化并不是抽象的符号，而是人体阴阳气机运行的写照，是外感病与自然界阴阳消长相互作用的反应。这样一来，六经辨证不再是玄虚的概念，而是能直接对应临床现象的工具。
在《伤寒发微·太阳篇》中，他借小建中汤的使用来说明病机。他认为，当太阳之邪未能完全外解，标本之气陷入体内，但仍能由肌理向外达汗，这时便需要用小建中汤以调和营卫，帮助正气把汗液透出。这样的解释，把“太阳标本内陷”的概念具体化，既合乎经典文意，又便于临床应用。
在十枣汤的论述中，他提出“阳明不从标本，而从中气”，此类病多与湿痰相关。他认为痰湿滞于阳明，是病机的关键。这与传统对十枣汤用于悬饮、癥水的理解相吻合，却又多了“中气痰湿”的概念，使人对阳明的病理认识更为清晰。他把抽象的“阳明病”与具体的痰饮病机联系起来，使辨证论治的逻辑更符合实际。
在《厥阴篇》的论述中，他更是体现出六经气化学说的灵活性。他认为厥阴之病，不一定直接表现为厥阴的标本，而是常从“中见少阳”。因此，会出现胆火与胃中燥热相合，导致消渴与心中热疼；也可能是湿痰遏制相火，水盛血寒，而见呕吐鱿虫之证。曹颖甫通过这种细致的分析，把厥阴复杂多变的临床表现分解成具体的气化失衡，让人能够透过纷繁的症状看到背后的机理。
从整体来看，曹颖甫的六经气化学说，不仅是一种病机解释工具，更是一种思维方式。他将六经由“经络—症候”的框架提升为“气化—功能”的层面，从而能用它解释外感病、内伤杂病，乃至复杂的临床疑难。他的学说特点在于：重视逻辑推演，注重病因病机与人体功能的统一，不让六经辨证停留在空洞的理论层面，而是让它真正成为指导临床的“活的法则”。
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